Здравствуйте.

Водонепроницаемых нитей не существует.
К примеру, при производстве тентов с двусторонней силиконизацией мы используем нитки, обработанные специальным составом, но они хоть и уменьшают возможность протечки, но не гарантируют её отсутствия. В данном случае, водонепроницаемость обеспечивается самой пропиткой ткани и грамотным подбором "инструментария" для соединении деталей тента.

Также, при производстве одежды и снаряжения с высокими влагозащитными свойствами для герметизации швов используется специальная лента.

Дополню, что вне зависимости от примененных нитей есть возможность герметизировать швы "самошивного" изделия используя прозрачный силикон - специальный для тур. изделий или даже силиконовый герметик.
Материалов по такой самостоятельной герметизации в сети немало.